ウイルスといわれる悪意をもったプログラムには、

ウイルス（破壊、いたづらを目的）
スパイウェア（潜伏し、情報を暴露、パソコンを破壊する）
アドウェア（宣伝広告を目的）

などの種類に分けることができます。

このウイルスの違いは、予防や感染後の処置にも影響しています。
ウイルス対策ソフトは、過去のウイルスをパターンわけして、
ワクチンソフトを作成しているので、ワクチンメーカーによって、
効き目や特徴が違います。

さらに、ウイルス対策ソフトの中には、スパイウェアやアドウエアには
対応できないものもあります。

さらに、

パソコンのOS（WindowsXP,Vista、７やMacOS）、
OSやパソコンソフトのセキュリティホールへの修正ソフトの導入状況
ウイルス対策ソフト、パターンファイルの利用状況

の組み合わせによっても効き目は違いますよ。